Misi Fakultas Agama Islam adalah:

1. Menyelenggarakan pembinaan dan pengembangan sumber daya manusia yang mandiri dan unggul.
2. Menyelenggarakan pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat sesuai dengan tuntutan dan kebutuhan masyarakat.
3. Melaksanakan pembinaan akhlak Islami yang selaras dengan budaya bangsa.
4. Melaksanakan program kerjasama kemitraan dengan berbagai pihak baik dalam maupun luar negeri berdasarkan prinsip kesetaraan.
5. Melaksanakan tata kelola Fakultas sesuai dengan prinsip good faculty governance.